管軼團(tuán)隊從穿山甲中發(fā)現(xiàn)冠狀病毒 多批次穿山甲樣品檢測呈冠狀病毒陽性

　　穿山甲中發(fā)現(xiàn)冠狀病毒有何意義?宿主謎題將揭曉!

　　多批次穿山甲樣品檢測呈冠狀病毒陽性

　　本次新冠疫情的暴發(fā)暫時被認(rèn)為與武漢華南海鮮市場有關(guān)，該市場出售的野生動物可能是人畜共患病感染的來源。盡管蝙蝠很可能是2019-nCoV的宿主，但目前還不清楚轉(zhuǎn)移病毒的中間宿主。

　　研究團(tuán)隊此前在2017年8月至2018年1月期間收集到18只馬來穿山甲的冷凍組織(肺、腸、血)樣本。這些穿山甲是在廣西海關(guān)緝私行動中獲得。

　　系統(tǒng)發(fā)育分析，描述了2019-nCoV、本研究獲得的穿山甲冠狀病毒序列、其他冠狀病毒之間的進(jìn)化關(guān)系。

　　值得注意的是，這些樣本的RNA高通量測序顯示，43個樣本中的6個(2個肺，2個腸，1個肺腸混合物，1份血液)存在冠狀病毒。研究團(tuán)隊隨后獲得6個全長或近全長基因組序列，標(biāo)記為GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L。這些病毒也具有類似2019-nCoV的基因組結(jié)構(gòu)，有9個預(yù)測開放閱讀框。研究團(tuán)隊還成功分離了病毒。

　　基于新的基因組序列，研究團(tuán)隊設(shè)計了qPCR檢測引物，以確認(rèn)原始樣本對冠狀病毒呈陽性。

　　接下來，研究團(tuán)隊對2018年5月至7月之間收集的另一批穿山甲樣品進(jìn)行了進(jìn)一步qPCR檢測。12只穿山甲的19個樣本(9個腸組織，10個肺組織)中，3個肺組織樣本呈冠狀病毒陽性。

　　除了這些來自廣西的穿山甲，此次疫情暴發(fā)后，廣州海關(guān)技術(shù)中心也重新檢測了他們在3月的反走私行動中查獲的5份存檔的穿山甲樣品(2份皮膚組織，1份未知組織，1份鱗片)，這些樣本中同樣發(fā)現(xiàn)了冠狀病毒。

　　通過高通量測序，研究團(tuán)隊發(fā)現(xiàn)鱗片樣品中包含冠狀病毒序列，用這些數(shù)據(jù)組裝了一個21505bp的部分基因組序列(標(biāo)記為GD/P2S)，可以代表2019-nCoV基因組的72%。

　　值得注意的是，2019年在廣東進(jìn)行的另一項關(guān)于患病穿山甲的研究也從肺樣本中發(fā)現(xiàn)了與2019-nCoV相似的病毒重疊群。通過不同的組裝方法和人工篩選，獲得了約占全長病毒基因組86.3%的部分基因組序列(標(biāo)記為GD/P1L)。

　　這些在穿山甲中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒的基因組，與新型冠狀病毒基因組相似率在85.5%-92.4%，并在系統(tǒng)進(jìn)化樹中代表了新冠病毒的兩個亞型，其中GD/P1L和GD/P2S與新冠病毒密切相關(guān)。