新冠溯源中國部分報告公布 華南海鮮市場不是疫情的發(fā)源地

　　動物的基因組數(shù)據(jù)

　　迄今為止的調(diào)查和針對性研究的證據(jù)表明，在蝙蝠和穿山甲中發(fā)現(xiàn)了與SARS-CoV-2關(guān)系最密切的冠狀病毒。樣本病毒與SARS-CoV-2的基因序列具有高度相似性，提示上述哺乳動物可能是導(dǎo)致COVID-19的病毒的貯主。然而，到目前為止，從99個物種中發(fā)現(xiàn)的病毒與SARS-CoV-2的相似度都不足以使其成為SARS-CoV-2的直接祖先。除了這些發(fā)現(xiàn)，水貂和貓對SARS-CoV-2的高度易感性表明，可能還有其他動物物種（鼬科或貓科動物，以及其他物種）是潛在的貯主。將序列數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)與潛在貯主物種調(diào)查中的數(shù)據(jù)進行比較后發(fā)現(xiàn)，這些可能的貯主物種的標本采集嚴重不足。

　　對病毒基因組和大流行早期流行病學(xué)數(shù)據(jù)的分析

　　聯(lián)合團隊回顧了通過中國國家生物信息中心在其包含所有可用冠狀病毒序列和元數(shù)據(jù)的綜合數(shù)據(jù)庫中收集的數(shù)據(jù)。選擇了2019年12月和2020年1月收集的樣本的所有序列數(shù)據(jù)進行深入分析，回顧了病毒在大流行第一階段的多樣性。對于在中國武漢發(fā)現(xiàn)的病例，將其數(shù)據(jù)與流行病學(xué)背景相聯(lián)系后選擇12月31日前發(fā)病的病例。最終分析結(jié)果顯示，在暴露于華南海鮮市場的病例中，有幾例病例的病毒基因組是相同的，說明這些病例可能是某個聚集病例群的一部分。但序列數(shù)據(jù)也顯示，武漢市大流行初期就已經(jīng)存在一定的病毒多樣性，說明在華南海鮮市場群之外還有未采樣的傳播鏈。從生肉暴露或毛皮動物暴露的流行病學(xué)參數(shù)來看，沒有明顯的病例聚集現(xiàn)象。

　　根據(jù)早期序列數(shù)據(jù)估計到最近共同祖先的時間

　　此外，通過分析來估計終末數(shù)據(jù)集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的時間（tMRCA），并與之前的研究結(jié)果進行比較。這樣的tMRCA分析可以被認為是估計的，并不能提供起源時間的確切證明。分子序列數(shù)據(jù)分析表明大流行的開始時間可能在12月中旬之前的某個月。估計的時間點從9月下旬到12月上旬不等，但大多數(shù)估計點在11月中旬到12月上旬之間。